根据您的描述，这颗多年前做过根管治疗的牙齿现在出现发黑，并且检查发现存在较大的根尖周囊肿。这种情况确实比较常见，但由于囊肿体积较大且已出现感染，单纯通过根管治疗很难达到治愈效果。从临床治疗角度，我建议您考虑手术切除囊肿。这个手术属于口腔常规治疗，技术成熟，风险较小。一般二级以上医院的口腔科或口腔专科医院都可以开展，需要办理短期住院手续。建议您尽早安排时间进行手术治疗，避免感染进一步扩散。术后配合抗炎治疗，预后通常都比较理想。如果还有其他疑问，可以随时咨询您的主治医生。