毛囊炎和囊肿型痤疮的主要区别在于症状表现和发病原因。毛囊炎通常表现为红色炎症性丘疹或小脓包，主要由细菌感染引起，一般可通过外用抗生素药膏治疗。而囊肿型痤疮则会出现较大的脓包、结节或囊肿，皮损更深更大，内部可能形成明显的囊肿性硬结。对于顽固的囊肿型痤疮，可能需要结合激光等物理治疗手段才能有效消除。建议根据具体症状表现进行针对性治疗。