先天性无肛门必须通过手术治疗，无法通过药物治愈。低位肛门闭锁可在一般卫生院处理，但高位肛门闭锁建议选择医疗条件较好的医院，由经验丰富的医生进行诊治。推荐以下医院：首都医科大学附属北京儿童医院、北京协和医院、北京大学人民医院、北京大学第一医院（北大医院）。这些医院均具备治疗该疾病的能力。